Windows Vista Service Pack 1作为Vista的一个重要更新，提供了更好的安全性、可靠性并且新增了一些功能，但是在安装Vista SP1后，部分应用程序可能无法正常工作，这里是一些已知的与Vista SP1存在兼容问题的程序。
安装SP1后，无法随系统自启动的程序：
| 应用程序名称 | 存在问题的版本 | 开发商 | 相关信息网址 | 备注 |
| BitDefender AV or Internet Security | 10 | BitDefender | 点击进入 | 已有支持SP1的版本（2008及之后版本） |
| Fujitsu Shock Sensor | 2.1.0.0 | Fujitsu Limited | 点击进入 | 该问题已提交给开发商 |
| Jiangmin KV Antivirus（江民KV） | 10、2008 | 江民 | 点击进入 | 已有支持SP1的版本 |
| Trend Micro Internet Security | 2008 | Trend Micro | 点击进入 | 已有支持SP1版本（16.1及之后） |
| Zone Alarm Security Suite | 7.1 | Zone Alarm | 点击进入 | 已有支持SP1版本（7.1.218.0及之后） |
安装SP1后，无法运行的程序：
| 应用程序名称 | 存在问题的版本 | 开发商 | 相关信息网址 | 备注 |
| Iron Speed Designer | 5.0.1 | Iron Speed | 点击进入 | 已有支持SP1的版本（5.0.2及之后版本） |
| Xheo Licensing | 3.1 | Xheo | 点击进入 | 已有支持SP1的版本（3.1 R17024及之后的版本） |
| Free Allegiance | 2.1 | Allegiance | 点击进入 | 该问题已提交给开发商 |
安装SP1后，部分功能无法使用的程序：
| 应用程序名称 | 存在问题的版本 | 开发商 | 相关信息网址 | 备注 |
| NYT Reader | 1 | New York Times | 点击进入 | 已有支持SP1的版本 |
| Rising Personal Firewall（瑞星个人防火墙） | 2007 | 瑞星 |
